В 1865 году по подозрению в антиправительственной пропагандистской деятельности он был арестован и сослан в орловское имение матери под строгий надзор полиции. Затем последовала астраханская ссылка.

Умер Пётр Иванович  Якушкин  20 января 1872 года в Самаре.